作为晚明最著名的党派精神领袖和当时即被清流视为正人君子样板的顾宪成，有两件事颇能看出其持不同政见的个性：其一，张居正当政时，权倾朝野，官员们即便不依附他，也绝不会去得罪他。有一次，张居正偶染疾病，在京的官员们按照惯例写了一道给上天的祷文，为张祈福。顾宪成却拒绝签名，他的同事怕他的任性会招来张的怨恨，于是代他签名。顾宪成得知后，“手削去之”。其二，他和首辅王锡爵聊天，王锡爵不满顾宪成对朝政的批评，阴阳怪气地说：“内阁所是，外论必以为非。内阁所非，外论必以为是。”顾宪成立即针锋相对地说：“外论所是，内阁必以为非。外论所非，内阁必以为是。”
虽然只是一个对帝国的运行轨迹无足轻重的中级京官，但顾宪成的这些行为却给他带来了特立独行的好名声。当他被撤职查办后，名气反而越来越大，支持者也越来越多，包括一大批朝廷要员也纷纷上疏，要求重新起用他。但这些请求都没能说服日益固执己见的万历。一直等到万历三十六年，朝廷才又想起了他，任命他为南京光禄少卿。这一安排，与其说是朝廷认识到了顾宪成的意义，毋宁说是给众多请求起用他的官员一个安慰，或者说是要让他们从此闭上鸟嘴。顾宪成当然明白当政者以此堵塞天下人之口的用心，他“力辞不就”，继续一心一意地讲学东林。