宝山石头城早在中唐时期就有人陆续定居。《元史·地理志》载：“其先自楼头（今云南宁蒗县永宁乡），徙此二十余世。”这说明其历史比丽江大研古镇还要早很多。元初宝山州成立后，石头城成为州府所在地，一直到元朝末期，石头城才初具雏形。现在整个村子约有100余户人家，全部为纳西族。
在古代，宝山石头城曾经是整个滇西北地区的要塞，历来都是兵家必争之地。史书记载，1253年秋天，忽必烈南征大理，到达石头城后看到这里不易攻破，就在城下面安营扎寨，并找人和当地纳西族首领谈判。驻守在石头城的纳西首领亲自打开城门，迎接大军入城。最后忽必烈大军顺利通过天险之城，于十一月到达丽江古城，直至消灭大理国，这在中国历史上留下了“元跨革囊”的千古篇章。而当时，忽必烈大军中一些伤残士兵留在了石头城，并在当地结婚生子。现在当地大多数纳西人都姓木，据说他们都是当时蒙古骑兵的后裔。
宝山石头城四面环山，开阔平坦的空地很有限。于是，勤劳的纳西族人因地治宜，经过千百年的开垦，把石头城四周的坡地都开辟成了层层梯田。这是纳西人由“依山负险，酋寨星列，不相统摄”的游牧生活转向农耕阶段的真实写照。梯田层层叠叠，而所有梯田，都有自然流水浇灌。山有多高，水就有多高。在四面颓突的山顶上，能看到汩汩清泉流出，自上而下流淌。而宝山石头城梯田的灌溉方式也不同于其他地方，比如桂林的龙胜梯田、元阳梯田等，一般都是上田水满后直接流到下田。但宝山石头城的梯田所采用的是自流灌溉方法，就是在每块田的下面修了一个暗渠，当要灌田时，堵住暗渠水口，水便会流灌整块田地，满水后打开暗渠水口，再堵上灌田水口，水由暗渠流下，便可浇灌下层田块。这样一来，既可以随时掌控水流大小，也不会产生夺肥现象，充分体现了纳西族人的聪明智慧。