这些事情朱祁镇都看在眼里，终于有一天他受不了石亨的所作所为，便召来首辅李贤来商量此事。李贤说：“您是一国之君，朝中所有大事都应该是您一人说了才作数。”朱祁镇似懂非懂地点了点头。又过了几天，朱祁镇再次召见李贤说：“阁臣如果有事要奏，必须见，可石亨是一名武将，何以频频入见呢？”于是敕告左顺门：“没有经过宣召，武官不得放进。”从那以后，石亨进宫的次数也就减少了。
天顺三年(1459年)，石亨的噩运终于来了，他的侄子们借石亨的“风光”大胆凌辱亲王，还口口声声说要谋反，被朱祁镇定为谋逆罪，石亨也因此被受连累，先是停止他上朝参见，削官为民，后来朝廷调查到石亨还有朋党，干脆把他罢黜了。
第二年，锦衣卫指挥使逯杲上奏，说石亨至今还心怀叵测，不仅与其侄孙石后招权纳贿、肆行无忌，还与术士邹叔彝等制造妖言、蓄养无赖，伺机察看朝廷的任何动静，以图谋不轨。朝廷诸多大臣也恨石亨恨得牙痒痒，纷纷弹劾石亨犯下的种种罪行。朱祁镇下诏抓捕石亨入狱，并没收他的所有家产。后来，石亨整日郁郁寡欢，最后病死在狱中。
连中三元
据推算，科举制度在我国延续了一千三百多年，其中还产生了600多名状元。而在这些状元中，至少有十六人曾获得了“连中三元”的这份殊荣，商辂就是其中之一。所谓“连中三元”，就是一个人在科举考试中，同时取得了解元、会元、状元三个头衔。说简单一点，就是这个人在全省、全国和皇帝的心目中都是第一名，这可是一件非常难得的事情，也是我国古代读书人的最高荣誉。