自国会解散后，已经有不少国会议员陆续出京南下。当孙中山提出护法主张后，离京议员中的前国民党系议员、对军阀政治不满的议员，以及一些怀抱各种个人企图的议员纷纷南下广东。但因南下广东的议员人数不及国会开议的法定人数，因此而有不开国会正式会议另开非常会议的主张。8月19日，孙中山召集国会议员130余人在广州聚会，认为“段据北京政府，力向护法各省用兵，对外复发布向德奥宣战，吾人内为护法各省之团结，外为行独立自主之外交，非组织政府不可。人数虽未足法定，惟值非常事变，可先开非常会议，组织政府，以资应付。”此诚为特殊情势下的“应变”之举，但也带来了其后国会议员“合法性”问题的一系列争议。
经过一系列筹备工作，8月25日，到粤国会议员在广州召开国会非常会议，孙中山在会议开幕祝词中，希望议员“扬谠论，纾嘉谟，建设真正民意政府”。29日，国会非常会议通过“组织大纲”，决定其任期至“临时约法”完全恢复效力时为止。31日，通过《中华民国军政府组织大纲》，决定“为戡定叛乱，恢复临时约法，特组织中华民国军政府”；规定军政府设大元帅一人，元帅二人，由国会非常会议选举之；临时约法之效力未完全恢复以前，中华民国之行政权由大元帅行之；元帅协助大元帅筹商政务。国会非常会议和军政府“组织大纲”为广州非常国会和临时政府的建立创立了法理依据，同时亦突出了其临时性和非常性的特点，不过因为孙中山的革命征程并不如其当初设想的那般顺利，故虽其后广州国会和政府的名称时有变化，但“临时”与“非常”的名义却伴随孙中山的政治生涯而不断延续，直至其辞世也未能完成由“临时”而“正式”、由“非常”而“正常”的过渡，孙中山统一中国、实行民主的政治理想在其有生之年终未告成。