当时，南京的中国妇女人人自危，纷纷跑到外侨国际委员会划定的安全区躲避。但是安全区内不安全，日军趁着黑夜，翻墙而入，搜索中国妇女，不分老幼，一律强奸。国际救济委员会在金陵女子大学设立了妇女收容所，约七千多名妇女在这里避难。但是，她们在这里也避免不了日军的强暴。日本兵挨户搜索妇女，大展淫威，还不满足，每天把大卡车开到收容所，劫走大批妇女。女人们无助的号哭之声传到几里之外。从十二岁到七十岁的妇女，都成了日军奸淫的对象，稍有不从，便遭惨杀。
难民区的有些妇女，为了避免受辱，只好女扮男装。但是，日军又把她们当作男人拉去做壮丁，真是上天无路，下地无门！有一次，日寇抓了一批女扮男装的中国人，用绳索捆绑，一个日本兵触到其中一个被捕者的胸部，觉得可疑，便解衣检查，发现都是女人，便将她们全部奸淫。事后，剥光她们的衣服，裸体钉在墙壁上，活活钉死。这些可怜的女人，有的两只乳房被削掉，有的下身被搅烂，有的被切开腹部，肚肠被挑出来，死状惨不忍睹。
在南京，孕妇也逃不过日军的毒手。一些孕妇被日本兵奸淫，事后用刺刀开膛破肚，将胎儿取出来蒸熟吃掉！
世界舆论也有把南京大屠杀称为“南京强奸事件”的，中国法官梅汝璈战后在远东国际法庭上的发言证实了这种说法。