然而，此期今古文经之争又紧密地与政治斗争联系在一起。康有为等人鼓吹今文经学不是为学术而学术，而是假经术以行改制；张之洞、苏舆等人则把今文经学视为离经叛道的“异端邪说”，反对康有为附会于其中的民权观点，维护的是封建专制制度和纲常名教的意识形态。正因为如此，《新学伪经考》刚问世，就遭到守旧派的弹劾而被禁毁。《孔子改制考》在1898年写成后也受到孙家鼐的参劾，他奏称：“窃恐以此为教，人人有改制之心，人人谓素王可作，是学堂之设本以教育人才，而转以蛊惑民志，是导天下于乱也。”[77]正如有的论者所说：“戊戌变法时期的今古文之争，不是单纯学术领域中的争论，而是一场政治斗争、思想斗争。……反对派以‘卫道’者的姿态，认为‘圣经圣法’不能改变，这就说明了他们对《新学伪经考》的攻击，是新旧思想的斗争，是封建顽固势力向代表资产阶级利益改良派的反扑，这是一场政治斗争。”[78]
辛亥革命时期，今古文经之争有了进一步发展。一些主张今文经学的学者继续发表文章，鼓吹公羊学。如廖平在《国粹学报》上发表《公羊春秋补证序》《春秋孔子改制本旨三十题》《公羊验推补证凡例》等文章；王闿运也撰写了《湘绮楼讲学札记》《湘绮楼答问》等文章，登载于该刊。今文经学阵营的主将康有为虽然避难于海外，但并没有放松对今文经学的宣传。他一方面积极从事尊孔保皇，争取实现君主立宪的政治活动；另一方面著书立说，深入阐发自己的学术思想。仅在1901年至1906年（光绪二十七年至三十二年）期间，他撰写的有关论著不下10种。其中写于1901年的有《中庸注》《孟子微》《春秋笔削大义微言考》；写于1902年的有《论语注》《大学注》《礼运注》《中国改制议》《大同书》；写于1903年的有《官制议》；写于1905年的有《物质救国论》；写于1906年的有《法国革命论》等。《欧洲十一国游记》等作品还不计算在内。其中绝大部分都与学术有关。廖平、王闿运都是从学术的角度推崇今文经学。此期廖平的经学思想正经历着“三变”和从“三变”向“四变”的转折。他的文章着重阐述“四变”的“天人之学”。康有为在此期间继续坚持戊戌变法时期的立场，打着今文经学、孔子改制的旗号进行保皇、立宪的政治活动，颇有一些声势。在他看来，今文经学不仅是儒学中的正统学术，而且还是在现实中必须遵行的政治理念。他在《论中国宜用孔子纪年》一文中说：“若夫万国古今，时异地殊，文野有度，不能无异也。则孔子广为三统，以通其穷；推为三世，以时其受。……其为三世也，初则据乱，内其国而外诸夏，故诛大夫戒淫乱；中则升平，内诸夏而外夷狄，故去诸侯尚礼乐；终则太平，去天子，天下大小若一，昆虫禽兽咸若，即《礼运》之大同也。……美、瑞之选贤能为民主，岂非所谓天下为公欤？但今未离内其国之时，故太平大同之道犹有待耳。然今社会工党遍于各国，则其时亦岂远哉？……追思天之诞生教主，不可忘也。故于诞日大典尤严，工商止业。廛肆闭户，家悬国旗，人胪欢庆。己亥先行于横滨，丁未发之于纽约，戊申以后遍行于南洋。今秋，吾在星加坡目睹其盛，于今岁为尤光大充丽也。凡吾未至未见之地，风闻略同，人心之能尊教主欤，岂非人道之宜，而文明之尤进耶！”[79]