元朝的税收比较有特点，也相当混乱。在华北地区，其原则即是按户或按丁抽税，同等税率。华南的税收则是计亩抽税，宋朝的账册在临安接收之后，都已送到北方。可是在宋朝时，这些数字就已经模糊不清。元朝除在长江三角洲一带征收实物外，一般按账册纳钞。忽必烈在几年之内骤得江南，又要笼络人心，所以一般折换率都对纳税人有利。而受到实惠的，依然是地主而非贫民。而南方人所纳赋税较北方人为高，也多次经有正义感的官员提出。
前面已经说过，色目人在元朝的政府中占有非常重要的地位。比如，在元世祖忽必烈领导之下，就有一批色目人一再提倡“核算钱谷”。有如回纥人阿合马替世祖理财20年，他增加新税收，为皇帝信任，做到中书平章政事，也一手掌握宰相的实权，结果为朝臣不满，被人谋杀。
黄仁宇先生说，他觉得元朝财政税收亟应整理，同时其国家的收入也大可增加。只是在当日专制政权之下，由二三宠臣主持，必无好结果。而这时候“天下骚然，江淮尤甚”，也不能说没有事实上的根据，全是诬陷之辞。不过归根结底，这种种情形，还是由于当日无法产生一个确切核实的会计制度。只是忽必烈是一个手段灵活的大政治家，他又亟于要各方讨好，才不惜归罪于少数的臣子，以保全自己的名誉。